A seguir, Stewart desvenda um crime forjado por este mesmo senador, a fim de incriminar a sociedade negra e ganhar com isto mais votos da sociedade. Por fim, Jordan dá razão a ele, embora não concorde com seus métodos. Stewart acha toda a história legal e aceita ser o novo substituto de Hal Jordan.

Submetido ao tratamento, Jordan volta a si e depara-se com o espectro de si mesmo sem o uniforme. Ambos lutam e Jordan tem de evitar ser morto por seu temor de um Jordan fracassado; contudo, consegue vencer no final e sai curado da máquina. O alienígena ainda se oferece para levá-los de volta à Terra.

Ao chegar no planeta,após informarem-se com Carol Ferris onde Canário Negro se encontrava, a mesma informou onde Arqueiro Verde se encontrava, às voltas com 2 helicópteros de militares pronto a atacá-lo. Ambos os Lanternas inutilizam o armamento das aeronaves e prendem Cel. Krisp, que agia por conta própria.

Stewart tenta atrapalhar os planos de Gardner e ambos preparam-se para lutar entre si.

Stewart e Katma Tui permitem que o grupo siga viagem, mas recebem a visita de Sinestro, afirmando que eles não deveriam deixar o grupo ir até Qward.

Na batalha final entre os grupos, Stewart e os demais membros da Tropa subjugam os vilões e Guy Gardner. No combate, Tomar-Re é mortalmente ferido e no momento de sua morte, concede seu anel a John Stewart, visto este estar usando até então, o antigo anel de Hal Jordan.

Em Oa, com a presença de toda a Tropa dos Lanternas, os Guardiões apresentam as guerreiras Zamaronas e anunciam que todos abandonarão Oa com suas consortes zamorianas, a fim de criar uma nova linhagem de imortais, deixando Safira Estrela como uma rainha sem reino e súditos.

A Bateria Central ficaria em Oa provendo energia a todos os anéis, onde quer que estivessem. Appa Ali Apsa ficaria à disposição em Maltus para aconselhamento. Todos os setores espaciais foram desestruturados e cada Lanterna Verde decidiria a área espacial onde defenderia; John Stewart e Hal Jordan foram destacados para defender a Terra.

Um grupo de vilões se une para atacar os Lanternas e não permitir que fosse instalada uma base da Tropa na Terra, mas são derrotados.

Prontos para uma revanche, os Lanternas encontram os vilões na nação de Madora, governada por um deles, Sonar. O combate é violento, com Arísia tendo um ataque de pânico e um dos vilões apresenta-se como sendo Dr. Ubix, do mesmo planeta de Chyp.

A imprensa logo cerca a Base dos Lanternas, mas demonstra crescente preconceito quanto aos alienígenas.

A Tropa é atacada pelo vilão Barão Tirano, mas seu combate em grupo o derrota.

Mão Negra atrai os demais Lanternas para sugar a energia de seus anéis e eles batem em retirada. Num segundo encontro, Mão Negra é derrotado por Kilowog e sua força bruta.

A Tropa segue para o resgate de Jordan e Arísia e encontra os dois beijando-se apaixonadamente.

A Tropa dos Lanternas segue até a Rússia para tentar convencer Kilowog a retornar, mas ele decide permanecer na Rússia, auxiliando no projeto Soviete Supremo.

Katma Tui se convence do mesmo e decide ficar. Stewart também fica na Rússia, a fim de acompanhá-la.

Na Rússia, o Secretário-Geral Gorbachev decide eliminar John Stewart e Katma Tui, sem que Kilowog e o Soviete Supremo original saibam.

Kilowog briga com Stewart e discute com os dois e manda que vão embora, preferindo ficar com Soviete Supremo. 

Stewart e Katma são emboscados por um grupo de Sovietes Supremos e os enfrentam, mas são derrotados  e levados a um local secreto.

Gardner vai resgatar os dois e Kilowog vai conversar com Gorbachev, mas este manda que os mísseis sejam lançados.

Com dezenas de mísseis avançando rumo ao território americano, a Tropa dos Lanternas, acabando de chegar em território russo, começa a desabilitar o máximo que conseguem.

O Soviete Supremo original recebe ordens de deter Kilowog, e ambos começam a lutar violentamente. Kilowog consegue derrotá-lo, tendo de matá-lo sem intenção. No final, John e Katma são resgatados, todos os mísseis são destruídos e Kilowog chora a morte de um amigo.

Durante o "Milênio", de SUPERPOWERS 14 (AGO/ 89) a LIGA DA JUSTIÇA 12 (dez/ 89), John Stewart atua como guardião dos Escolhidos na Base dos Lanternas Verdes. No final do período, participa do grupo de heróis que embarca na Sonda Solar, rumo ao centro da Terra, onde se ocultavam os últimos Caçadores Cósmicos.

Áureo derrota John Stewart, que tem uma atuação ridícula na história e chega a ser amparado por Katma Tui. No final, tem seu anel sugado pela Bateria Central, como o de todos os demais, exceto Hal Jordan.

No dia e momento do funeral de Katma, ela reaparece e provoca um grave acidente com um caça, para chamar a atenção de Hal. Jordan consegue evitar um desastre, mas o avião explode sobre escombros de um local desabitado. A Aeronáutica culpa o acidente como sendo provocado pelo Lanterna Verde, e o chamam para depor. O Lanterna Verde que eles conhecem é John Stewart. No julgamento preliminar, John Stewart alega inocência dos acidentes ocorridos e culpa  Safira Estrela, que estaria perseguindo o "outro" Lanterna Verde, sem revelar sua identidade.  O júri chama Carol Ferris como a testemunha de acusação. Ao vê-la, Stewart logo ativa seu anel e a ataca, criando uma bolha de proteção sobre sua cabeça, deixando-a sem ar para que desmaiasse. No entanto, um dos jurados constata que ela falecera, e John foge do fórum desesperado.

Em sua casa, John presencia outro incidente no edifício, provocado por Safira, onde ele encontra pessoas mortas, inclusive crianças. Desesperado, ele segue até o necrotério, onde encontra o corpo de Carol, que, revelando-se ainda viva, diz que tudo que deseja é destruir Jordan e humilhar e desmoralizar Stewart.  Derrotado psicologicamente, Stewart vai até o túmulo de Katma e decide renunciar o cargo de Lanterna Verde, atirando fora o anel de Hal Jordan, para que o mesmo voltasse para seu dono, onde quer que ele estivesse. Neste momento a polícia chega e dá voz de prisão a John Stewart.

Hal Jordan teleporta-se na cela de Stewart e deixa com ele o anel com metade da energia para que ele escapasse por seus próprios meios. John nega, afirma que Jordan não é mais seu amigo e o manda embora, mas o anel fica na cela. Após ser pego novamente pelos guardas para mais uma sessão de violenta tortura, John decide vestir o anel e destrói completamente a prisão, libertando indiretamente todos os demais presos. John recebe acolhida na casa de um dos fugitivos, Dorian Alexander, líder de um movimento de oposição anti-racista no país e consegue convencer a Stewart a se unir a eles na luta contra o governo racista. Após viajar pelo país e constatar a supremacia branca em todos os lugares, John decide auxiliar o movimento anti- Apartheid com seu anel.

Enquanto isto, Lester Wills, outro fugitivo, criminoso que saqueava dos brancos e dava aos negros, estava solto e aterrorizando a cidade, mas a culpa recaiu sobre o grupo de Alexander. Na nação africana, uma grande festividade de entrega de um transatlântico novo, está sendo iniciada, com a presença de autoridades estrangeiras, e o grupo de Alexander prepara uma bomba no navio, sem Stewart saber. John utiliza o poder do anel para criar canhões apontados para os convidados no navio, mas tudo é destruído por Jordan e ambos iniciam uma dura discussão e um violento embate entre si. Jordan tenta desacordar John espancando-o mas é detido por um indivíduo no local. Isto dá tempo para Stewart contratacar e tentar matar Jordan estrangulando-o.

A bomba é detectada nos navios por um guarda e o pânico se generaliza entre a multidão. O grupo de guerrilheiros entra em confronto com a polícia e Dorian Alexander é morto com um tiro. Ao perceberem o caos estabelecido, ambos os Lanternas cessam imediatamente de lutar e entram em ação para salvar as pessoas e diminuir os estragos das explosões nos navios. Stewart cai em si e se arrepende de ter ajudado o grupo. Decide entregar seu anel a Jordan e renunciar ao cargo de Lanterna Verde, mas Jordan diz confiar nele e, com isto, resgata sua auto-estima. John decide ficar com o anel e continuar sendo Lanterna, mas anuncia que passará um tempo no espaço, para limpar a mente.

John Stewart falha em sua missão e o resultado é a explosão de uma das 4 bombas dos espectros,que destrói metade do planeta Xanshi, lançando-o  de encontro à seu sol. O contato do sol com a energia negativa da bomba, converte a estrela numa supernova, e todo um sistema planetário é destruído.

John Stewart, sentindo o peso da derrota e dos bilhões de vidas perdidas, tenta suicidar-se, mas não tem coragem. Caçador de Marte o confronta e ele desiste do intento.

O Guardião começa a usar seu poder para arrancar uma cidade inteira em Maltus e transportá-la até Oa, desejando acabar com sua solidão.

Tentando em vão se libertar, John tenta enviar uma mensagem mental a Jordan e Gardner, mas só consegue chamar a atenção do primeiro.

John Stewart é mantido mentalmente prisioneiro de Ali Apsa, que revela seu plano de destruir todos os mundos, a fim de que apenas as cidades selecionadas sobrevivam em Oa.

No final, os 3 Lanternas são mantidos cativos mentalmente por Ali Apsa.

Reunidos no antigo local da Bateria central, os Guardiões iniciam o julgamento de Appa Ali, sendo ele acusado de ter assassinado o Sacerdote, aprisionado os 3 Lanternas e seqüestrado seres de diversos planetas, utilizando de violência. Contudo, sem ser notado, Appa toma o controle mental da mente de John Stewart e o utiliza como canal para atacar com potentes rajadas de energia a todos os Guardiões e consegue derrotar a todos, ficando todo o planeta à sua mercê.

Quanto aos Guardiões, apenas 2 de cada vez atacam Appa, pois o restante tem de manter a gravidade do planeta, pois Appa parou de controlar a atmosfera das cidades. Fora necessário um esforço conjunto de John Stewart, fazendo o caminho inverso de ligação mental e invadindo a mente de Appa com uma imagem de solidão, a fim de fazê-lo baixar a guarda, para que os Guardiões o atacassem com sua energia conjunta, tendo de matá-lo.

Os Guardiões anunciam que decidiram permanecer em Oa, a fim de reconstruir a Tropa dos Lanternas Verdes. Para isto, dariam 3 missões especiais a cada um dos Lanternas.

Com todos já presentes em Oa,  os Guardiões apresentam oficialmente, a reformulada Tropa dos Lanternas Verdes, formada inicialmente por Jordan, Gardner, Stewart, Kilowog, Chaselon, Larvox, Brik e Gnort.

Em SUPERBOY 20 (jul/ 98) em decorrência de um terrível ataque de Grayven em Rann, Stewart chega a ter uma parada respiratória e chega a ficar paraplégico como seqüela. Fora curado por Hal Jordan Parallax em MELHORES DO MUNDO 6 (abr/ 98). No Brasil, a cura fora publicada antes da causa.

Em MELHORES DO MUNDO 12 (out/ 98) descobre possuir um novo poder, o de ativar rajadas energéticas esmeralda de seus punhos. Poder este, dado por Parallax quando o curara.

 Em SUPER-HOMEM 45 (jul/00) enfrenta como homem normal, Fatalidade e utiliza todo seu poder para derrotá-la. Com isto, volta a ficar paralítico.